Directory structure

The directory structure of the created datasets is as follows:

Slide directory structure

dataset
└── <ds-name>-slides
    β”œβ”€β”€ train
    β”‚   β”œβ”€β”€ fungal
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-slide-1.png
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-slide-2.png
    β”‚   β”‚   └── ...
    β”‚   └── non-fungal
    β”‚       β”œβ”€β”€ NF-slide-1.png
    β”‚       β”œβ”€β”€ NF-slide-2.png
    β”‚       └── ...
    └── test
        β”œβ”€β”€ fungal
        β”‚   β”œβ”€β”€ F-slide-1.png
        β”‚   β”œβ”€β”€ F-slide-2.png
        β”‚   └── ...
        └── non-fungal
            β”œβ”€β”€ NF-slide-1.png
            β”œβ”€β”€ NF-slide-2.png
            └── ...

Patches directory structure

dataset
└── <ds-name>-<downsample_dimensions>
    β”œβ”€β”€ fold-0
    β”‚   β”œβ”€β”€ train
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ fungal
    β”‚   β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-1.png
    β”‚   β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-2.png
    β”‚   β”‚   β”‚   └── ...
    β”‚   β”‚   └── non-fungal
    β”‚   β”‚       β”œβ”€β”€ NF-patch-1.png
    β”‚   β”‚       β”œβ”€β”€ NF-patch-2.png
    β”‚   β”‚       └── ...
    β”‚   β”œβ”€β”€ val
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ fungal
    β”‚   β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-1.png
    β”‚   β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-2.png
    β”‚   β”‚   β”‚   └── ...
    β”‚   β”‚   └── non-fungal
    β”‚   β”‚       β”œβ”€β”€ NF-patch-1.png
    β”‚   β”‚       β”œβ”€β”€ NF-patch-2.png
    β”‚   β”‚       └── ...
    β”‚   └── test
    β”‚       β”œβ”€β”€ fungal
    β”‚       β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-1.png
    β”‚       β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-2.png
    β”‚       β”‚   └── ...
    β”‚       └── non-fungal
    β”‚           β”œβ”€β”€ NF-patch-1.png
    β”‚           β”œβ”€β”€ NF-patch-2.png
    β”‚           └── ...
    β”œβ”€β”€ fold-1
    β”‚   └── ...
    └── ...

MIL directory structure

dataset
└── <ds-name>-MIL-<downsample_dimensions>
    β”œβ”€β”€ train
    β”‚   β”œβ”€β”€ F-slide-1
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-1.png
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-2.png
    β”‚   β”‚   └── ...
    β”‚   β”œβ”€β”€ ...
    β”‚   β”œβ”€β”€ NF-slide-1
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ NF-patch-1.png
    β”‚   β”‚   β”œβ”€β”€ NF-patch-2.png
    β”‚   β”‚   └── ...
    β”‚   └── ...
    └── test
        β”œβ”€β”€ F-slide-1
        β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-1.png
        β”‚   β”œβ”€β”€ F-patch-2.png
        β”‚   └── ...
        β”œβ”€β”€ ...
        β”œβ”€β”€ NF-slide-1
        β”‚   β”œβ”€β”€ NF-patch-1.png
        β”‚   β”œβ”€β”€ NF-patch-2.png
        β”‚   └── ...
        └── ...

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